“嘉庚”号科考船总的室内科考空间面积高达550多平方米，科考空间根据干/湿、非洁净/洁净等功能需求，分为主实验室、湿实验室、通用实验室、电子实验室、洁净实验室等。实验室和甲板地面设有地脚螺栓网格，除了船上固定的实验空间，科考船还可根据航次计划灵活搭载不同的设备和移动式集装箱实验室，如专用痕量元素采集与分析集装箱式实验室、同位素集装箱式实验室等。
主实验室
- 面积126m2，是全船最大的实验室；
- 位于主甲板，经双开水密门与右舷甲板相通，作业便捷；
- 可根据需要用作干性或湿性实验室；
- 实验室内的电源和网络接口配置灵活；
- 接入超纯水，设有-86℃冰箱、制冰机、光照培养箱、通风橱等设备。
洁净实验室
- 面积19m2，位于主甲板；
- 满足分析试验对洁净环境的特殊要求，主要用于痕量金属等化学元素或生物洁净样品的前处理与测定分析；
- 实验室的空调与通风系统有独特的过滤设计，可以有效减少污染，实现十万级的洁净等级。
湿实验室
- 面积32m2，位于主甲板；
- 后部由单开门经科考作业间与后甲板相通、右侧经双开水密门与右舷甲板相通，作业便捷；
- 具备良好的排水设计，用于大水量或有水溢出的试验，完成大水量采水、过滤等生地化参数的前处理工作。
